El género del comentario alegórico es el más complejo y más original de Filón. De esta serie tenemos la mayor cantidad de citas y alusiones por parte del cristianismo posterior. Se trata de una estructura de lectura exegética sobre tramos sucesivos del texto sagrado, en relación con un tópico antropológico-religioso, por ejemplo, la simbología de Caín y Abel como arquetipos de especies de hombre. La interpretación alegórica parte de una premisa: una expresión literal, un versículo o un término, puede remitir –y de hecho siempre lo hace– a un significado diferente del que expresa la letra. Esa segunda significación refiere a un tópico en que se apoyan redes y constelaciones de textos: de otro lugar del Pentateuco, de una corriente filosófica o de ideas propias dichas en otro tratado. La interpretación alegórica pretende articular dos niveles de sentido: el literal y el no-literal. Solo un maestro preparado adecuadamente puede guiar la búsqueda de significados posibles y el acceso al sentido alternativo. Filón se mueve con mucha libertad por los eslabones de estas redes y retorna al texto, en un ir y venir que sirve para consolidar los tópicos alegóricos de su convicción monoteísta.

La sección central de la serie Exposición de la Ley de Moisés se compone de cinco tratados legislativos, Sobre el decálogo y Leyes particulares I-IV, en los que Filón organiza la materia normativa del Pentateuco mediante métodos y categorías procedentes de la tradición filosófica y jurídica grecorromana. A los fines de ordenar en un sistema lógico y coherente las innumerables leyes específicas dispersas en los libros bíblicos, Filón otorga especial importancia al decálogo, las diez palabras o mandamientos revelados a Moisés en Éxodo 20 y Deuteronomio 5. Estos constituyen las leyes generales o títulos bajo los cuales pueden clasificarse todas las demás normas particulares. Filón es el primer autor en la tradición judeo-cristiana que asigna al decálogo este rol jerárquico y organizativo, al utilizarlo como base de una taxonomía que se sustenta en las categorías griegas de la clasificación en géneros y especies. La estructura jerarquizada se expresa también en la división de los mandamientos en dos grupos correspondientes a las dos tablas de la Ley: los primeros cinco, y por tanto preeminentes, contienen todas las leyes que regulan la relación del hombre con Dios; los cinco subsiguientes refieren a las relaciones entre los hombres, i. e., sociales (Sobre el decálogo 51 y 121). A este objetivo de sistematización se suma además el otro interés metodológico del comentario legal de Filón, que consiste en ofrecer una explicación racional del sentido y la utilidad moral y social de las leyes, con una orientación polémica y apologética que ubica la legislación mosaica por sobre cualquier otra normativa de origen humano. En sus interpretaciones, Filón adapta las leyes mosaicas para responder a las necesidades, prácticas y preocupaciones de su tiempo y lugar: extiende o circunscribe el alcance de las leyes, precisa el sentido de los términos, o reinterpreta normas que reflejaban condiciones sociales ya inexistentes. En tales operaciones resulta insoslayable la influencia del contexto socio-cultural y político en que el autor produce su lectura, de manera que pueden rastrearse elementos procedentes de las legislaciones griega, alejandrina y romana con las que la normativa judía tendría múltiples contactos e interacciones. De hecho, el interés clasificatorio y ordenador de Filón no puede dejar de vincularse con la tarea de codificación legal que se estaba llevando a cabo en la misma época en el marco del gobierno imperial romano. Debe notarse, por último, que la interpretación legal de Filón es contemporánea a los desarrollos rabínicos de la Ley Oral, pero se concreta en un sistema y una metodología originales y precede en varios siglos a las primeras documentaciones escritas plasmadas en la Mishná y otros textos rabínicos.